Лососевые Лососевые Лососевые Лососевые Лососевые Лососевые Лососевые

Отсутствие прямых аналогов для лососевых рыб

Уникальность

Универсальность

Инструмент для фундаментальных и экологических исследований, а также биомониторинга

Точность

Точная и универсальная идентификация происхождения икры лососевых рыб

Актуальность

Возможность использования метода при ловле браконьеров и идентификации икры

1

1

Оптимизация выделения ДНК

2

2

Подбор вырожденных праймеров​

3

3

Проверка праймеров​

4

4

Очистка ПЦР продукта​

5

5

Секвенирование

6

6

Сравнение последовательностей с базой данных​

7

7

Гель-электрофорез

Анализ гель-электрофореза показал, что праймеры работают корректно на всем спектре представленных видов

При помощи выбранных нами праймеров и оптимизации температуры отжига мы провели ПЦР выделенной нами ДНК различных лососёвых

ПЦР

Постановка секвенирования и обработка полученных сырых данных

Секвенирование

1

2

3

Секвенирование

1

2

3

Выделение ДНК из икры менее эффективно в сравнении с выделением из других биологических материалов. Оптимизированный нами протокол, позволяющий увеличить выход ДНК, включает использование колонок Thermo Fisher, более длительную инкубацию в лизирующем буфере, а также повышенную концентрацию протеиназы K. ​

Система вырожденных праймеров, разработанная на три участка мтДНК - CytB, COX1 и D-петли, корректно работает на широком спектре лососеобразных.​

Посредством метода секвенирования по Сэнгеру участков CytB, COX1 и D-петли и последующего биоинформатического анализа может быть успешно определена видовая принадлежность образцов лососеобразных. ​

Среди лососеобразных наблюдается высокая вариабельность поли-Т-тракта в центральной части контрольного района, вызывающая гетероплазмию.​

4

Tilda Publishing

Одним из успехов нашей системы является обнаружение нового гаплотипа, который мы депонировали в базу данных NCBI.