Актуальность
Устойчивость к антибиотикам возрастает до угрожающе высоких уровней во всем мире. Новые механизмы устойчивости появляются и распространяются повсюду, угрожая нашей способности лечить распространенные инфекционные заболевания. Все больше инфекций становится труднее, а иногда и невозможно лечить из-за снижения эффективности антибиотиков.
Определить распространённость
в бактериях генов устойчивости к макролидам и фторхинолонам в объектах окружающей среды
Определить наиболее подходящие методы выделения ДНК для разных типов образцов
Была собрана коллекция из 98 образцов микробиоты, включающая 29 проб почвы, 14 проб воды, 18 смывов с поверхностей, 7 соскобов с кожи, 30 образцов из выращенных нами колоний. В 8 пробах было не достаточно бактериальной ДНК для дальнейшего анализа.
Для детекции в режиме реального времени для изучаемых генов оптимальная температура отжига составила 60°С. Для детекции методом электрофореза для гена msrA оптимальная температура отжига лежит в диапазоне 61° - 64°, для гена AAC(6’)-Ib-cr = 56° – 58°С.
Гены резистентности были выявлены в 27% пробокружающей среды, одновременно 2 маркера резистентности присутствовали в 9%, 3 маркера - в 1 %. Среди клинических образцов 78% обладали устойчивостью, при этом 64% содержали 3 и более маркера резистентности
В пробах окружающей среды большая часть генов резистентности была выявлена образцах, связанных с присутствием человека и его деятельностью.
.Гены резистентности (QnrB, QnrS, OqxA, OqxB, ErmC) достоверно чаще встречаются в клинических образцах, по сравнению с образцами окружающей среды. Гены MsrA,Ibвстречаются достоверно чаще в природных образцах, чем в клинических