В международной базе NCBI с помощью инструмента Primer-Blast подобрали праймеры, ограничив продукты отжига от 100 до 700 нуклеотидов. Среди полученных праймеров выбрали подходящие по ГЦ-составу (приближено к 60%) , чтобы при этом температура отжига была 60 градусов. Дополнительным фактором при их выборе была комплементарность (меньше 5). На слайде выделена одна из наиболее подходящих пар.

В рамках разработки панели молекулярных маркеров устойчивости рапса к белой ржавчине и настоящей мучнистой росе был проведён систематический анализ научной литературы, позволивший выявить гены-кандидаты, ассоциированные с данными признаками. Для расширения пула потенциальных маркеров выполнено выравнивание геномов рапса и арабидопсиса с целью идентификации генов-ортологов. На текущем этапе осуществляется поиск и анализ данных об экспрессии отобранных генов. Следующей задачей станет кумулятивная балльная оценка кандидатов для окончательного формирования панели.

Для белой ржавчины и настоящей мучнистой росы сформировано направление дальнейшего биоинформатического анализа генов-кандидатов и геномных вариантов.

Выполнено полногеномное выравнивание Brassica napus и Arabidopsis thaliana. При вводе идентификатора гена арабидопсиса в поисковую систему отображается соответствующий ортологичный ген рапса, если гомология между видами подтверждена.

По совокупности генетических, функциональных и экспрессионных данных наиболее обоснованными биологическими мишенями являются BnMLO6* для устойчивости к настоящей мучнистой росе и WRR4** для устойчивости к белой ржавчине. BnMLO6 имеет наиболее полную совокупность подтверждений благодаря прямому редактированию нескольких копий гена у рапса и наследуемому усилению устойчивости. WRR4 уступает по суммарному баллу, но сохраняет высокий приоритет благодаря прямому функциональному опыту в восприимчивом рапсе.

*BnMLO6 - группа из шести копий гена восприимчивости самого рапса; их одновременное редактирование сопровождалось наследуемым усилением устойчивости к мучнистой росе.
**WRR4 - иммунный рецептор арабидопсиса, перенос которого обеспечил устойчивость восприимчивого рапса к проверенному изоляту Albugo candida.